I protozoi sono degli organismi unicellulari molto pericolosi per il cane al quale provocano gravi malattie. Le malattie più frequenti sono:
Coccidiosi
Vittime prevalenti della coccidiosi sono i cuccioli degli allevamenti intensivi o quelli che transitano in ambienti contaminati e con basso standard igienico. I coccidi eliminati sul terreno da animali infetti se assunti con la bocca determinano la malattia che si manifesta con diarrea catarrale o emorragica, anemia, vomito e quindi disidratazione. Le lesioni, di natura intestinale provocano dolore.Se non vengono adeguatamente curati i cuccioli possono morire.  Quelli guariti, per molto tempo, saranno
portatori sani. La cura consiste in somministrazioni di sulfamidici per almeno 14/15 giorni.
Babesiosi (piroplasmosi )
 I principali vettori di questa malattia sono le zecche e principalmente il Rhipicephalus sanguineus (zecca bruna del cane ). Durante la suzione la zecca  infetta il cane iniettando il protozoo responsabile della malattia, il Babesia canis.Dopo alcuni giorni di incubazione,che variano a seconda del tipo di zecca,l'animale comincia a mostrare i sintomi della malattia che sono: febbre molto alta (40/41 °C), aumento della frequenza respiratoria e cardiaca, apatia, anemia, ittero, emoglobinuria (urine rosse), disappetenza e costipazione.
La forma acuta è caratterizzata da un grave ittero,emoglobinuria e anemia.E' la forma più grave e facilmente letale.
La forma cronica invece è meno grave.Presenta gli stessi sintomi della  forma acuta ma tutti in forma più attenuata.
Una grave infestazione  da zecche deve farci riflettere sulla possibilità che il nostro cane possa avere contratto questa malattia.  Un esame del sangue atto a verificare la presenza di Babesia nei globuli rossi potrebbe evitare spiacevoli conseguenze.
Leishmaniosi
E' una malattia tipica delle regioni mediterranee ed in particolare di quelle costiere che si affacciano sul mare. I vettori di questa malattia sono gli insetti succhiatori di sangue e più frequentemente le zanzare. Anche gli uomini possono essere infettati da questa malattia che colpisce le cellule del sistema reticolo-endoteliale. I sintomi sono: immunodepressione, proliferazione  incontrollata di tessuti, problemi di tipo cutaneo e viscerale.La malattia si presenta infatti con due diversi tipi di sintomatologia. Il sintomo cutaneo, meno grave e conosciuto come bottone d'oriente è caratterizzato dalla presenza di una o più ulcere cutanee di aspetto crateriforme coperte da crosta e refrattarie alla cicatrizzazione. Quello di tipo viscerale, invece, è  il più grave ed assume una forma cronica con incubazione di diversi mesi. I sintomi molteplici sono: dermatosi, dermatiti seborroiche o nodulari non pruriginose, ulcere nasali e podali, cheratocongiuntiviti, uveiti, dimagramento, abnorme crescita delle unghie.Seguono come sintomatologie interne: ingrossamento del fegato, della milza, nefrosi e nefrite. Più tutte quelle infezioni derivanti dall'immunodepressione. La terapia ha raggiunto risultati soddisfacenti grazie all'uso di un antibiotico,l'amidosidina solfato.